Что вы подразумеваете под понятием "капитальный ремонт"? Сняли башку и поменяли колечки? как это обычно делают.
Если делали полноценный кап ремонт, я бы ближайшее время вваливать мотору не стал...
Коробка тут не причём, потому как выжим сцепления или сброс газа не останавливают вращение шестерёнок, только снимается нагрузка, посторонние звуки бы слышались в движении на пятой передачи.
Возможно происходит пробуксовка сцепления, если я правильно понял описание проблемы. Возникнуть это могло по причине значительного износа диска, плюс пока шёл ремонт, на него попало масло.